最常使用內視鏡治療的消化道疾病是出血，若是噴射狀動脈出血(spurting)可使用熱探子，腎上腺素(epinephrine)注射等方式予以止血。有些潰瘍雖已止血，但其內暴露的血管(visible vessels)仍宜以熱探子、雷射等電熱方式去除破壞此類血管，避免下次再出血。若是食道腫瘤，食道鬆弛不能症(achalasia)形成的狹窄，可以使用氣球擴張術(balloon dilatation)打通，但須注意有食道破裂之可能性。如前所敘述，對於曾出血的食道靜脈曲張者可以EIS或EVL方式治療，消除曲張血管預防下次出血。潰瘍、腫瘤引致的幽門或十二指腸球部狹窄病例，亦可用氣球擴張術打通狹窄。甚而有些無法手術的胃、食道腫瘤可用雷射照射方式作治標式(palliation)處理。有些吞嚥神經障礙，無法順利吞嚥，須長期擺置鼻胃管者，可運用內視鏡迅速簡便作個胃造口術(percutaneous endoscopic gastrostomy)，減少更換鼻胃管之麻煩及病患抗拒鼻胃管心態。結腸最常使用的內視鏡治療功能是息肉切除術。
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